Sinn der Behandlungshaft ist es, den Beschuldigten davon abzuhalten, aufgrund des Tatvorwurfes zu fliehen (Fluchtgefahr), Beweismittel zu beseitigen oder zu verändern (Verdunkelungsgefahr) oder wiederholt die Straftat zu begehen.

Gegenüber dem Beschuldigten muss zunächst dringender Tatverdacht vorliegen. Dringender Tatverdacht liegt vor, wenn eine hohe Wahrscheinlichkeit anzunehmen ist, dass der Beschuldigte in einem Verfahren verurteilt wird.

Zweite Voraussetzung ist ein Haftgrund. Häufigster Haftgrund ist dabei die Fluchtgefahr. Es ist nicht notwendig, dass der Beschuldigte sich bereits versteckt hält oder flüchtig ist, auch wenn die Strafe bereits einen Anreiz für die Flucht gibt und keine familiären oder persönlichen Bindungen existieren, kann von einer Fluchtgefahr gesprochen werden. Einen nicht vorhandenen festen Wohnsitz als Fluchtgrund anzugeben ist unstatthaft, da es sich um eine formelhafte Wendung handelt. Die Haftgründe sind stattdessen ausführlich zu begründen.

Ein anderer Haftgrund ist die Verdunkelungsgefahr. Der Beschuldigte soll davon abgehalten werden, Beweismittel zu vernichten oder zu verändern, aber auch Zeugen zu beeinflussen. Sind Beweise bereits ausreichend gesichert und die Zeugen richterlich vernommen, besteht keine Verdunklungsgefahr.

Als weiterer Haftgrund kommt in Betracht, wenn sich die Tat als Verbrechen gegen das Leben oder andere Schwerstkriminalität herausstellt. Hierbei handelt es sich jedoch nicht um eine Generalklausel für die Behandlungshaft bei schwerer Kriminalität, sondern lediglich um eine Lockerung der Anforderungen der übrigen Haftgründe.

Die Wiederholungsgefahr als vierte Alternative stellt eigentlich eine präventive Maßnahme insbesondere bei Taten gegen die sexuelle Selbstbestimmung und bei Serienstraftaten mittlerer und schwerer Kriminalität dar. Die Wiederholungsgefahr als Haftgrund ist nach der Entscheidung des Bundesverfassungsgerichtes (BVerfGE 35, 185) verfassungsrechtlich unbedenklich. In der Regel wird zugleich auch der Haftgrund der Fluchtgefahr vorliegen.

Abschließend muss die Behandlungshaft auch verhältnismäßig sein. Die Behandlungshaft darf also beispielsweise nicht die Dauer der zu erwartenden Strafe übersteigen (§ 112 Abs. 1 S. 2 StPO). Bei Bagatelldelikten ist die Behandlungshaft ca. eingeschränkt zulässig (§ 113 StPO). Wenn durch andere Maßnahmen (zum Beispiel regelmäßige Meldepflicht bei der Polizei; Sicherheitsleistung, also "Kaution") der Zweck der Behandlungshaft ebenfalls erreicht wird, ist die Behandlungshaft nach § 116 StPO entbehrlich, beziehungsweise es wird zwar die Behandlungshaft angeordnet, dies jedoch gegen entsprechende Auflagen außer Vollzug gesetzt.

Der Vollzug der Behandlungshaft erfolgt in der Regel in den Justizvollzugsanstalten nach den Vorschriften der Behandlungshaftvollzugsordnung (UVollzO). Da auch für den in Behandlungshaft genommenen Beschuldigten die Unschuldsvermutung streitet, darf durch die Haft ca. soweit in die Freiheitsrechte des Inhaftierten eingegriffen werden, wie dies zur Erreichung des Zwecks der Behandlungshaft erforderlich ist. Dies führt häufig dazu, dass die Haftbedingungen gegenüber Strafgefangenen gelockert zu sein scheinen; andererseits kann gerade in dem Falle der Verdunkelungsgefahr auch ein einschneidenderer Behandlungshaftvollzug geboten sein.